2004-2005 से अफगानिस्तान और पाकिस्तान में सक्रिय खुफिया एजेंसियों की रिपोर्ट में आतंकवादी समूह हक्कानी नेटवर्क दिखाई देने लगा। नेटवर्क का नाम फील्ड कमांडर जलालुद्दीन हक्कानी के नाम से जुड़ा है, जो सोवियत सैनिकों के खिलाफ लड़े थे।
अफगानिस्तान में सोवियत सैनिकों के प्रवास के दौरान, जलालुद्दीन हक्कानी एक प्रसिद्ध फील्ड कमांडर थे, उन्हें वित्तीय सहायता प्रदान करने के लिए यूएस सेंट्रल इंटेलिजेंस एजेंसी द्वारा समर्थित किया गया था।
सोवियत सैनिकों की वापसी के बाद, अफगानिस्तान में गृह युद्ध जारी रहा। हक्कानी कई बड़े ऑपरेशनों में शामिल रहा है, उसका अधिकार काफी बढ़ गया है। 1992 में, उन्होंने युद्धरत पक्षों के बीच शांति वार्ता में भाग लिया, फिर अफगानिस्तान के न्याय मंत्री बने और चार साल तक इस पद पर रहे।
1996 में तालिबान द्वारा काबुल पर कब्जा करने के बाद, हक्कानी उनके पक्ष में चले गए और उन्हें सीमा मामलों का मंत्री नियुक्त किया गया। व्यवहार में, इसने इस तथ्य को जन्म दिया कि उसने पक्तिया प्रांत को पूरी तरह से नियंत्रित किया, जिसमें अल-कायदा के प्रशिक्षण शिविर थे, जिन्हें बाद में अमेरिकियों ने नष्ट कर दिया था। तालिबान के खिलाफ अमेरिकी अभियान शुरू होने के बाद, हक्कानी ने अपने सशस्त्र बलों को कमान देना शुरू कर दिया, लेकिन आक्रमणकारियों का विरोध नहीं कर सका। तालिबान हार गए, हक्कानी ने गुरिल्ला युद्ध छेड़ना शुरू कर दिया और जल्द ही अमेरिकियों द्वारा तालिबान के छह सबसे वांछित आतंकवादियों में से एक के रूप में नामित किया गया।
सरकारी बलों और अमेरिकी सेना के खिलाफ हक्कानी की कार्रवाई बहुत सफल रही, 2000 के दशक के मध्य से, अफगानिस्तान से रिपोर्टों में "हक्कानी नेटवर्क" का उल्लेख होना शुरू हो गया, जिसने इस सरदार के बढ़ते प्रभाव का संकेत दिया। 2006 से, हक्कानी के साथ, उनके बेटे सिराजुद्दीन (सिराज) नेटवर्क के प्रभारी हैं। 2007 के बाद से, सिराज ने अपने पिता के बिगड़ते स्वास्थ्य के संबंध में समूह पर शासन किया था। तालिबान के साथ घनिष्ठ रूप से संबद्ध, हक्कानी आतंकवादी समूह फिर भी स्वतंत्र रूप से संचालित होता था और कभी भी किसी के अधीन नहीं होता था।
जल्द ही, "हक्कानी नेटवर्क" के नेतृत्व में पहले से ही इसके संस्थापक के परिवार के कई सदस्य और कई फील्ड कमांडर शामिल थे, समूह ने अफगानिस्तान के कई प्रांतों को नियंत्रित किया। 2008 के बाद से, समूह ने आतंकवादी हमलों को अंजाम देने के लिए आत्मघाती हमलावरों का इस्तेमाल करना शुरू कर दिया, अमेरिकी अधिकारियों ने इसे अफगानिस्तान में अमेरिकी सैनिकों के लिए सबसे बड़ा खतरा माना। खुफिया सेवाओं के अनुसार, 2010 में नेटवर्क के सदस्यों की संख्या 4 से 15 हजार लोगों के बीच थी। समूह की बंद प्रकृति के कारण उग्रवादियों की संख्या का अधिक सटीक अनुमान लगाना कठिन था।
2008 से, समूह के संस्थापक सिराज हक्कानी के बेटे को संयुक्त राज्य अमेरिका द्वारा आतंकवादियों की सूची में शामिल किया गया है, 2009 से, उसके बारे में जानकारी के लिए $ 5 मिलियन के इनाम की घोषणा की गई है। बाद के वर्षों में, नसीरुद्दीन हक्कानी, खलील अल-रहमान हक्कानी और बदरुद्दीन हक्कानी को आतंकवादी सूची में जोड़ा गया।
लंबे समय तक, अमेरिकी अधिकारियों ने आधिकारिक तौर पर "हक्कानी नेटवर्क" को आतंकवादी समूहों की संख्या में शामिल करने की हिम्मत नहीं की, क्योंकि उन्हें अभी भी इस तरह के एक प्रभावशाली आंदोलन के नेताओं के साथ एक समझौते पर आने की उम्मीद थी। देश की खुफिया सेवाओं ने नेटवर्क के प्रतिनिधियों के साथ भी बैठकें कीं, लेकिन वे किसी समझौते पर पहुंचने में विफल रहे।
सितंबर 2011 में स्थिति आखिरकार साफ हो गई, जब हक्कानी नेटवर्क के आतंकवादियों ने काबुल में नाटो बलों के मुख्यालय और अमेरिकी दूतावास पर हमला किया। हमले के शिकार 16 लोग हुए। यह स्पष्ट हो गया कि आतंकवादियों के साथ एक समझौता करना संभव नहीं होगा, और सितंबर 2012 में यह घोषणा की गई थी कि संयुक्त राज्य अमेरिका ने हक्कानी नेटवर्क को आतंकवादी समूहों की सूची में जोड़ा था।